Stochastic Online Anomaly Analysis for Streaming Time Series (IJCAI 2017) https://doi.org/10.24963/ijcai.2017/445 Student-t process を使ったストリーミング時系列に対する新しい異常検知手法を提案する。 時系列関数が Student-t process に従うと…

Sparse Gaussian Markov Random Field Mixtures for Anomaly Detection (ICDM 2016) http://ide-research.net/papers/2016_ICDM_Ide.pdf 複数の動作モードに対応可能かつ変数ごとの異常スコアを算出できる新しい異常検知手法を提案する。 通常、異常検知を行…

Putting MRFs on a Tensor Train (ICML 2014) http://proceedings.mlr.press/v32/novikov14.pdf マルコフ確率場(MRF)のパラメータ推定に使われる最尤訓練法では、分配関数の良い近似が必要とされる。 離散変数の正規化されていない同時分布をテンソル(多次元…

去る 7/21(木) に行われた「異常検知と変化検知」輪読会で論文紹介をさせていただきました。タイトルは「非制約最小二乗密度比推定法 uLSIF を用いた外れ値検出」で、資料は SlideShare に上げています。 非制約最小二乗密度比推定法 uLSIF を用いた外れ値検…

ひと月ほど前になりますが、基礎からのベイズ統計学入門 輪読会で発表させて頂きました。タイトルは「階層モデルの分散パラメータの事前分布について」で、Andrew Gelman の論文 Prior distributions for variance parameters in hierarchical models (PDFリ…

LDA などのトピックモデルの評価指標として、Perplexity と Coherence の 2 つが広く使われています。 Perplexity はモデルの予測性能を測るための指標であり、Coherence は抽出されたトピックの品質を評価するための指標です。 トピックモデルは確率モデル…

1. はじめに RDP Classifier は、RDP(Ribosomal Database Project) により開発された、16S rRNA 配列から菌種を判別するためのツールです。RDP Classifier は、BLAST に比べて数百倍の速度で菌の判別(簡易同定)を行うことが可能です。また、この論文によると…

最近は仕事で微生物の 16S rRNA解析用のツールを作っています。 そのツールには入力データとして、NGS で読んだリードデータを入れるのですが、その前にリードのフィルタリングを行わなければなりません。 NGS のデータにはシーケンスエラーが含まれていて、…

Velvet や ABySS などの代表的な de novo アセンブリツールでは、アルゴリズムに de Bruijn Graph というのを使っているそうです。どうやってアセンブルしているんだろう？と興味を持っていたので、元ネタの An Eulerian path approach to DNA fragment asse…